开源 GEO 优化工具源码部署搭建指南

开源 GEO 优化工具部署指南

GEO（基因表达 Omnibus）优化工具通常指用于分析基因表达数据的开源工具，以下为完全开源部署的典型方案：

环境准备

• 操作系统：Linux（推荐 Ubuntu 20.04+）或 Windows Subsystem for Linux
• 依赖工具：Docker 20.10+、Python 3.8+、R 4.0+
• 硬件要求：至少 4 核 CPU/8GB 内存/50GB 存储空间

获取源码

常见开源 GEO 工具库可通过 Git 克隆：

git clone https://github.com/geopython/geoapi.git
git clone https://github.com/bioconductor/GEOquery

数据库部署

MySQL/PostgreSQL 配置示例：

# docker-compose.yml 示例
services:
  postgres:
    image: postgres:13
    environment:
      POSTGRES_PASSWORD: geo123
      POSTGRES_DB: geo_db
    ports:
      - "5432:5432"

后端服务搭建

基于 Python 的 API 服务安装：